Parce que j'ai mis un peu de temps a trouver, voici comment configurer un Computed Field de type Entity Reference pour qu'il référence autre chose que des Nodes (des Users dans mon cas) :

$new_definitions['blog_author'] = \Drupal\Core\Field\BaseFieldDefinition::create('entity_reference')
        ->setLabel(t('Author (computed)'))
        ->setComputed(TRUE)
        ->setClass('\Drupal\mynamespace\ComputedField\BlogAuthorComputed')
        ->setSettings(array(
          'target_type' => 'user',
          'default_value' => 0,
        ))
        ->setDisplayConfigurable('view', TRUE);